挪用资金罪和挪用特定款物罪在客观方面都表现为故意违反财经管理制度的挪用行为，主观方面都是出于直接故意，但二者毕竟是性质不同的犯罪，仍有许多明显的差异，表现为：
１、犯罪客体不同。前者侵犯的是公司、企业或者其他单位的财产所有权和财经管理制度；后者侵犯的是特定款物的所有权和特定款物的专款专用制度。
２、犯罪对象不同。前者的犯罪对象只能是公司、企业或者其他单位的资金；后者的犯罪对象则必须是用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民等特定用途的款物，包括钱和物。
３、挪用的用途不同。前者挪用的本单位资金，法律要求用于个人使用或借贷给他人，包括个人和法人；后者的挪用只限于由有关单位改变专用款物用途的行为，不包括挪作个人使用的行为。
４、对危害结果的要求不同。对于挪用资金罪，法律未明确限定必须具备何种危害结果才构成犯罪；而挪用特定款物罪则要求只有情节严重，致使国家和人民群众利益遭受重大损害的，犯罪才能成立。
５、犯罪主体不同。挪用资金罪的主体是公司、企业或者其他单位中不具有国家工作人员身份的人，一般是公司的董事、监事或者职工，以及其他企业和生产经营实体中的职工；挪用特定款物罪的主体只能是掌管、经手、支配救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物的直接责任人员。
６、犯罪主观方面不完全相同。挪用资金罪的行为人主观上明知是公司、企业的资金而予以挪用；挪用特定款物罪的行为人主观上明知是国家的救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物而予以挪用。